A medence vizének tisztántartására, az oldott- és lebegő szennyeződések eltávolítására szolgál a medence szűrő rendszere. A szűrést a víz megfelelő szűrőzsákon történő keresztüláramoltatásával lehet elérni.
Egyik lehetőség a belógatós gépház, mely bármely merevfalú medencéhez könnyen rögzíthető, akár utólag is beépíthető. A másik típus az úgynevezett beépíthető gépház. Ezeknek a helyét az oldalfalban célszerű már az építésnél meghatározni. Előnye, hogy külön aknát nem igényel, a szennyeződések egy szűrőzsákban gyűlnek össze, nincs szükség külön medencén kívüli csőrendszerre, mivel egy helyen kerül be-, majd ki a megtisztított víz a medencébe. Azonos teljesítményben készülnek, mint az aknás homokszűrők. A belógatós rendszer üzemeltetése külön szaktudást nem igényel.